個人的な意見ですが・・・
仰る通り連載の設定にした作品に、一つずつ掲載する方がいいですね。
過去投稿分を削除というか移動させるので、あらすじに載せていたものを1エピソードごとに移動すると「ー再掲ー」は不要でしょう。するならタイトルの横に「再掲載版」と載せてもいいでしょう。
ただ、色々と思う処がありますよね。
活動報告に「作品を整理したい」旨を伝える工夫が必要かもしれません。
ブックマークした読者さんが居るなら「この作品は削除されました」的な表記が現れるし、ポイントを入れて頂けた場合は大変でしょうが、迷惑行為になるかも知れない旨を記載する方が無難でしょうね。コンテストに応募しているなら取消になるので、そこは注意した方がよさそうです。