これはもう、好みでしかないですね。
私の使っている「ATOK」では、「」の外に句点『。』を付ける(「~」。)と、途端に『付けるな!』と指摘してきます。
ただ、これは「小説モード」での話でして。
私は、通常の仕事でのビジネス文書では、普通に「」。とかやってます。
小説でも状況によっては使います。「」。は。
(Aは「~だと思う」、と発言した。―― など)
ただ、「~、」「~。」は、個人的に言っても違和感があります。
文科省の文法でも、たしか「~、」「~。」は日本語として本則ではないとされてますし。
キチンと勉強したいなら、下記のサイト等を参考にされるとよろしいかと存じます。
参考サイト:https://wordrabbit.jp/blog/20
ただ小説や創作の場合、要は、使い方と統一感ですね。
マンガでも、少年誌ではセリフ末に「。」を付けますが、少女マンガでは付けなかったり(これは、なぜかは分からない)。
ネットの書き込みでも句読点を付けると文句言われたり(私は気にしませんが)。
個人的には、日本語は良くも悪くもその表現の柔軟性に利点があると思っています。
日本語文法の本則に従わないと、AI や「IME」「ATOK」「google入力」などが文句言ってきますが、
日々変わっていくのが言語です。
ジジイの感覚からすれば、「全然大丈夫」すら違和感がありますが、もう市民権を得ていますし。
私自身、前述の通り、作中で状況によって付けたり付けなかったりしますよ。