・・・うーん。
これ、本当に難しいですよね。
私ならば・・・
A：「そのご」。前の文章の流れによっては「そののち」でもいいかな？
B：「そののち」。直後の助詞「に」と前の文章が、私にそう読ませました。「そのあと」でも違和感はないですね。
C：「そのあと」・・・かな？ ただ前後の文章の内容によっては「そのご」や『そのうしろ』もあり得るかも。
「そのあと」の読み方で当てる漢字が、「後」と「跡」で意味が変わってきますよね。「後」なら時間軸、「跡」なら空間軸、「痕」なら身体的あるいは精神的な「痕跡（こんせき）」という意味合いが強くなります。
実は、本当に偶々なんですが、私の場合、この「その後」という表記、作品中ではなるべく使わないよう意識している単語です。
特に『そののち』と読ませたい場合は。『そのあと』『そのうしろ』も基本そうですね。
なぜなら、読み方によって読者への印象が変わる上に、リズムが狂ってしまうから。挙げられた例文ですが、私ならこう書くと思います。
A：その後 → やがて ただし、前の文章の流れでは「その後、」を使うかも。
B：この文章の流れだと、そのまま「その後」でもいいですが、私は「そのあと知ることになる」もしくは「そののち知ることになる」とひらがな表記にした上で助詞「に」を削ります（「に」が続くから。「その後（あと・のち）に」と使うなら後ろの「知ることに」は「知ることと」にします）。
C：前後の文章によっては「その後」「その跡」を使い分ける。
私は、基本的に「その後」は、ひらがな表記にします。漢字の「その後」を使うときは、
・『その後、』と読点で一旦切るとき。
・『その後（ご）ごみを捨てた』見たいに、同じ「音(おん)」が続くとき。だから「そのあと」と書きたいときは「そのあとごみを捨てた」と書きます。
以上のように、「決めて」ます（ま、決めてても間違うことが多々あるんですが）。
私は、読んでいて流れやリズムが狂うとダメなタイプですので、その辺りは表記揺れも許容するスタイルです。
尤も、こんな細かいことができるようになったのも、途中から入力補助機能（表記揺れチェック）を導入したからなんですが。それまでは結構いい加減でした。
逆に、絶対に漢字を当てる言葉もあります。それは「いった」。
「言った」と「行った」で意味が大きく変わってきますので（まぁ前の文書の流れで分かるんですが）、特に「言った」は必ず漢字表記します。
これは感覚的なもので、単に私が「『言った』でないと気持ちが悪い」からです。
まぁ、色々えらそうに書きましたが、元気玉 様の例文もまったく問題ないですし、読んでいても気にならないです。多分前後の文章から判断して無意識に読みやすい読み方で読んでると思います。上記の意見はあくまでも「私が書くなら」という話ですので。書き手のフィーリングの方が大切なのでは、と思っております。
偶々、ご質問の単語が私のスタイルと噛み合うものでしたので、僭越ながら口出しさせていただきました。
ご参考になれば幸いです。
