『一つの作品の中に投稿したものを別作品として投稿するのは規約違反ですよね？』との質問ですが、こちら内容が同様のものを投稿するのは規約違反です。連載を「本編」「番外編」の２つにして、内容がダブっている部分を消せば規約違反にはなりません。


・本編と番外編を分けたい場合
今、投稿済みのものを本編とし、新しく番外編の連載を別に投稿。元の本編から重複する番外編の各エピソードを削除。（エピソード削除方法ヘルプhttps://syosetu.com/helpcenter/helppage/helppageid/82　）

本編と番外編を分けるなら、この2つを「シリーズ」に設定するのがおすすめです。ヘルプhttps://syosetu.com/helpcenter/helppage/helppageid/84


・本編と番外編を分けない。
読者の立場でいうと、一般的には本編と番外編は分かれてない方が便利です。ぶっちゃけ分かれて別連載になってたら番外編読まないことが多い……。
もちろん、わけるわけないは作者さんの自由です。番外編だけを連続して読ませたい場合もあるでしょうし。

本編番外編を分けない場合、本編と番外編を別々の「章」に設定することで見やすくなります。サブタイトルの上に章の見出しがつくのでわかりやすくなります。ヘルプhttps://syosetu.com/helpcenter/helppage/helppageid/83


作品例（作者さん勝手に例にあげてすみません）
・本編と番外編を別連載にしてシリーズにしたもの。「シリーズ」はタイトル上の青字から
『商人令嬢はお金の力で無双する』https://ncode.syosetu.com/n7979hv/
・章の設定がしてある作品。
『じゃあ俺だけネトゲのキャラ使うわ』https://ncode.syosetu.com/n3749kd/

一応、本編と番外編をわけてもよい、ただし重複部分は削除する、の根拠も置いときます。
「小説家になろうヘルプセンター
過去に投稿した作品の再執筆について」https://syosetu.com/helpcenter/helppage/helppageid/175　より
『小説家になろうでは一定の条件を満たしている場合、同一の題材・設定・展開・キャラクター等を使用し再執筆した作品であっても投稿を受け付けております。』
→掲載中の作品のうち、番外編を「再執筆」＝「別の連載を作成して掲載」してもよい。

『以下に該当する作品の投稿については、読者の方の検索を妨げる、もしくはスパム行為であるとして運営対応の対象となる可能性がございますので投稿をご遠慮ください。
・投稿済み作品の一部を抜粋したのみの作品』
→掲載作品から番外編を抜粋するだけではスパムになるのでダメ。番外編を抜粋した上で、元の作品から番外編部分を消すならOK（重複内容の同時掲載ではなく、スパム行為に当たらない）

返信が遅れまして申し訳ございませんでした。

返答ありがとうございます、わかりやすい説明により、自分の作品をこれからどのようにするかを考え始めました。
実は、番外編を本編のサブ、のちにそのようになる物語として作っておりまして、そちらの方を読まなければ、本編でその部分に至った時の話の詳しい事がわからない内容になってはいるのですが、その番外編の話を目指し執筆を行なっておりますせいで、読者がまだ読んでいない部分である先が、既にネタバレをしてしまっているのが悪い所だなと、反省をしたのちに、質問の方を投稿させていただいた次第なのです。
なので、書いたものを一時的に別に保存し、再度時が来ましたら投稿するのもありだと、考えるようになりました。
それなので、一つ目の回答は、自らの投稿を見直す良い手がかりとなりました、まず初めのお礼を申し上げます。

そして、二つ目の返答の方にございました、ヘルプセンターの方には「過去に投稿した作品の再執筆」という欄がありますことを教えていただき、私の検索不足により見落としていたせいで、面倒なお手数をおかけしてしまい申し訳なく思いますと共に、根拠として示していただいたことに感謝いたします。

ここまで書いたうえでの本当の事を申し上げますと、こちらの返信はまだ、回答を一見しただけにすぎず、これからヘルプセンターほかを閲覧させていただき、回答いただいたことも含めて参考にしようと思います。

回答者様には、私の至らなさ故の失敗に対し、わかりやすい返答をしていただき、ありがとうございました。
同一の方が詳しく教えていただいたことに、深い感謝の念を申し上げますと共に、これから自らの投稿を直すために奔走させていただきます。
長々とお礼を申し訳ありません、色々と、ありがとうございました！