5分ほどですが調べてみた限り、作品を消さずに非公開にするのは無理そうです。ですが、今まで書いたエピソードが表示される画面で管理ーこの作品を削除
で実質的に非公開に出来ます。ですが、今まで書いた作品を残したい場合は、全てのエピソードのコピーを取り、どこかに張り付けて削除と言うステップを踏めば実質的に作品は残ります。このような方法でどうでしょう?説明が下手ですみませんが…わかりましたか?

上の方のおっしゃるように、完全な「非公開」機能はありません。近い機能で「検索除外」があります。
なろうの検索やランキングには載らなくなりますが、ページ自体は消えていないので、ブクマ評価済みの読者やタイトル等でGoogle検索すれば読めてしまいます。

「検索除外」ヘルプページ
https://syosetu.com/helpcenter/helppage/helppageid/54