「しおり機能が変更になりました」のメッセージは最新バージョンのSafariなら確か「再表示しない」的なボタンがあって、チェックしたらもう表示されないはずなので、利用環境の問題かと。
Safariを最新バージョンにアップデートする、JavaScriptをオンにする、広告ブロックアプリ等を使ってる場合はオフにする等、試してみてください。
ちなみに私の場合、古くてアプリのアップデートが終了している端末では各作品ページの「ブックマーク新機能追加」のお知らせが消えてません。再表示しないボタンも押せない。明らかにブラウザのバージョンが古すぎるのが原因でしょうね。ほとんど使ってない端末なので諦めてます。