Android+Chrome環境で、ルビを振っている文字が小さくなる件ですが、設定をいじって再現できました。
・Chromeの設定→ユーザー補助機能で[テキストの拡大と縮小]を110%以上にしている
・スマホの設定で文字サイズを[大][特大]などにしている
[テキストの拡大と縮小]が100%でもスマホの設定で文字サイズを大きくしていれば再現しました。
スマホの設定で文字サイズが[中]でも[テキストの拡大と縮小]が大きければ再現しました。
とりあえず、文字を小さくすれば、ルビと本文のバランスは元に戻る……かもしれません。
文字サイズが[中]で[テキストの拡大と縮小]が110%だと、ほんの少しバランスが悪い気がするかな……という感じです。
拡張機能のStylusでなんとかなるかなと思いましたが、Android版Chromeは拡張機能に非対応なのでこの方法は使えないですね。
Android版Firefoxだと、スマホの設定で文字サイズが特大でも文字のバランスは変わりませんでした。
最近までスマホを電話としてしか使わなかった人間が確認したことなので、外している可能性もありますが&すでにこの辺解明済みだったら申し訳ないです。