質問者さんの投稿状況からみて、質問内容は実際には「連載の2話目（第2部分）以降はどうやって投稿すればいいか」ということだと判断しました。もし違う場合は、下の★印まで進んでください。

2話目以降の投稿の一般的な手順は「新規作品作成」（この機能で連載1話分の下書きを作る）→保存すると「執筆中小説」の一覧に入る→「次話投稿」

詳しくは以下のサイトの説明がわかりやすいです。2話目以降はこの説明の「次話投稿」です。
「のべなろ　小説家になろう新規小説から次話投稿までの流れまとめ」　https://novenaro.com/narou-post
公式のヘルプはこちら
「小説家になろうに小説を投稿する」　https://syosetu.com/helpcenter/helpcategory/helpcategoryid/3 「小説を投稿するまでの流れ」他


★なろう内で定義されている「章」を作るためには、「作品投稿履歴」から連載小説を選んで、上の方にある「章管理」から。
詳しくは公式ヘルプ「章管理」https://syosetu.com/helpcenter/helppage/helppageid/83
または「のべなろ　小説家になろう章分け管理の設定方法」
https://novenaro.com/narou-chapter


あと、もし上の方法でもアラートが繰り返し出るようなら、どの操作の後にアラートが出るのかを書いて再度ご質問を。

余計なお世話かもしれませんが、執筆は　小説家になろう　に直接書くのではなく、外部ソフトなどを使う事をおすすめします。
アウトラインプロセッサやテキストエディタなど、執筆において便利ものがあります。