カクヨムは「傍点」の専用記号があるんですね。
なろうでは専用記号がなくて、ルビ同様、
|傍《・》|点《・》　または　|傍点《・・》　のような表記になります。
一応、一括置換機能はあるんですが、今回のケースは表記ルール自体が違うし、なろうの方は傍点の数がそれぞれ違うので適用は無理そうですね。（参考:小説家になろうヘルプセンター　入力補助機能の概要https://syosetu.com/helpcenter/helppage/helppageid/39）

Googleで「小説投稿サイト 変換」で検索したところ、各投稿サイトのルビ形式の一括変換できるサイトがいくつかありました。傍点まで対応しているかわかりませんが、そちら試してみてはどうでしょう？

回答ありがとうございます！早速そのサイトで試してみます！