投稿種別「連載」を短編集形式に用いる、という手法は、なろう公式の言及では否定されていません。
　公式マニュアル上の記述では、

https://syosetu.com/man/toukoukoumoku/
> 種別 ※後から変更できません。
> 短編小説
> Q.短編で投稿したものを短編集にまとめたいです。連載形式への変更ができないので、投稿しなおしになるでしょうか？
> その場合はシリーズ管理機能をご利用ください。
> 投稿された作品を一つのシリーズにまとめ、好きな順番で目次を作成することができます。

　と、間接的な言い回しではありますが、「はじめから連載種別で投稿し、短編集形式とする」ことを認知した書き方がされており、どちらかというと肯定的な文脈となっています。
　また、実際にそのような短編集形式を行っている既存の作品／投稿者さんはたくさんおられ、特に否定はされてこなかったものと存じます。

　ただし、ジャンル区分が横断的となりますと、システム上のジャンル区分に則って検索をかける側からすると検索妨害的な結果ともなりかねませんので、設定の選択には一考をもっていただけますと幸いに存じます。（「その他」にするなど。）

短編集自体はＯＫなんですね！
よかったです( ´∀`)
確かに、短編集を掲載してる人は見かけたので、多分大丈夫なんだろうな～と思いつつ心配だったので、情報ありがたいです。

ジャンルごちゃまぜも、「その他」を選択すれば大丈夫そうとのこと……！
そもそも「その他」区分は全然記憶になかった笑
なので、教えてもらえて感謝です！

改めて、ありがとうございました！