以下のどちらかを試してみてください。
・スペース（空白）が半角と全角が混ざっているようなら全角に揃える。（これはもしかしたら上手くいかないかも）

・章管理を使う。（章管理 - マニュアルhttps://syosetu.com/man/chapter/）
部ごとに章分けして「第１部」を章タイトルとすれば、サブタイトルとは別枠で太字表記されます。サブタイトルは「第〇話」だけにすればいいです。

鳴神楓さんの回答で、ほとんど用は足りますが…。

まずは「半角と全角」の【見分け・使い分け】を、しっかり身に付けるべきかと。

英数文字と記号は「半角」と 『全角』の両方がありますが、「ひらがな・カタカナ」と【漢字】は(一般的に)全角だけ、です。

数字や記号は「しっかり見分け」て『使い分け』ず【混同】してしまうと、どうしても「ずれ」が生じて【計算が狂い】見た目が悪くなります。

判りやすい見分け方は、文字にカーソルを合わせた時の「横巾&縦横比」です。

半角は全角の半分しか【横巾】がないので、カーソルで色が変わる部分が【縦長に、細く】なります。
この【横巾の差】が積み重なって「計算が狂う原因」に、なります。
【全角１文字の横幅は、(おおよそ)半角2文字ぶん】
と、覚えておけば良いかと。

そこで【半角】の数が「奇数」になると【全角と揃わなくなる】ので、まさに『凸凹になる』原因かと。

半角と全角が混じらない様にするか、どちらか片方だけを「英数字&記号」で使うなら、揃う筈です。

返信ありがとうございます。
章管理を使って章タイトルを第１部と追加したのですが、第１部が全体のタイトルとなってしまいました。第１２話の前に第２部を入れたいのですが、どうすればいいでしょうか。
章を新たに追加する箇所の選択はできないのでしょうか。

できますよ。
章管理で新たに加えたい章を、話数リストから章の始めの話数を一つ選んで下さい。
最初の章作成とはちょっとやり方違いますけど、直感的な作業でできると思います。

桂ヒナギクさん、できました！　ありがとうございます。鳴神さん、比由さん、
ありがとうございます。皆さんのお陰で目次を揃えることができました。
ほっとしました。