今の対応でほぼ完璧だと思います。

運営サイドでは休載のルールは特にありません。（作者の自由、というスタンスっぽいです）

あとは連載を読んでいる読者と新規に読もうとする読者に対して「休載中であることが明確にわかる」ようにするのが読者に対するマナーかと思うので、その点は今されている対応で十分かと思います。

連載中か完結済みかという問題は、連載中のままがおすすめです。
理由は完結済み設定にすると「エタ（連載中断）作品を読みたくないので検索して完結済みだけを読んでいる」読者に対して迷惑になるからです。（あらすじで休載中であることはわかるのでそれほど迷惑でもないですが）

さらに付け足すとしたら、もし休載中に新規読者に読んでもらう必要がないなら「検索除外」の設定をするくらいでしょうか。検索除外にするとすでにブクマ済みの読者は普通に読めますが、作者マイページやなろう内検索の一覧に載らなくなるので、新規読者はほぼ付かなくなります。
休載中でも新規読者に読んでもらっても構わないなら設定を変える必要はありません。

あとはタイトルに【休載中】と入れてもいいですね。（あらすじ開かなくても一目でわかるので）

とても丁寧にご回答頂きありがとうございます！
どうして良いか分からなかったので助かりました。

なるほど、完結済みだと
「終わってるの読みたいのに、途中じゃん！」って思う方も出てきますよね。連載中のままにします。

タイトルに休載中をつけるのは見た時に一目で分かるので良いですね！アドバイス取り入れさせて頂きます！

まるで『連載を休む為にはルールに従いマナーを守る必要が、ある』と厳しく定められている、かの様な…。

作者の都合で休む事は許されない、と厳しく責任を追求され強制退会などの処分が下されて(以下略)と、まさに【杞憂】でしょう。

投稿が自由なのですから、休む事で「誰かに迷惑をかける」事も、ない筈ですが…。

【作者には責任がある】と自縄自縛に囚われている気がします。
貴方の(連載作品の)投稿は【義務や責任】で、行っている事ですか？
そこには自由は無いのでしょうか？

　率直なお気持ちを書いていただきありがとうございます。
質問者様のおっしゃる通り【杞憂】で終わることかもしれません。

　私の場合は読んでくれた人をもやもやさせたくなくて、休載の連絡をしたかったんです。ただ、今回初めての休載だったので前例があればと調べたけど見つからないので、知っている方にお聞きしたかった…というのが、事の顛末です。

　ここから下は私の考えを述べますが、質問者様と見解が違うと思います。お気分を害されたらごめんなさい。

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　質問者様は【作者には責任がある】と自縄自縛されているとおっしゃっておりますが、その通りYESです。作る以上は責任は発生すると思いますし、関わりがあった人に最低限筋は通すべきだと思っています。
　また【義務や責任】で行っているか、そこに自由はないのかという質問に関してはNOです。今まで投稿した小説は、自分が書きたいものを自由に書かせていただいています。

　私の執筆スタイルは今の所、【作者の責任を果たした上で、自分の描きたい小説の世界を作っていく】です。責任と自由は二律背反ではないと考えています。
　私が作者の責任として考えているのは、作品を生み出した責任です。
作品を公開したことで、読者がその作品に触れました。作品の中で、キャラクターたちが生き生きと動き始めました。

　本来なら完結まで書ききるのが理想ですが、色々な理由で出来ない事もあるでしょう。今回自分が書いた小説もそうなってしまいました。

　私がそうなった時にできる事は、関わった人に「続けられなくなった、ゴメンナサイ」と伝える事でした。少なくとも待っているかもしれない人に、待たせ続けるというのが私にはできませんでした。それが私の責任に対しての接し方です。

　このやり方が正解だとは思いません。自分のやり方を押し付けようとも思いませんし、色々な考えがあって当たり前だと思っています。十人十色でよいのではないでしょうか？ただ私の性に合ったやり方はこれだった、ってだけなのです。
…たまに型に嵌めすぎて自爆しますけどね(笑)

『休む前に理由を書いて謝っておく』
のではなく、再開時に
「ただいま戻りました。再開します」
とした上で、理由を説明しますね。

先に謝るのも結構ですが、説明は再開時にすれば良い、と考える派(？)です。
尤も私を「心配してる人 」なんぞ居ないとは思いますが…。(失笑)

単に「先に言い訳をする」のが嫌い、というだけてすね、きっと。

貴方は、再開時の事も考えていますよね。

帰って来た時に
「おかえり」
の一言があれば、十分だと思うだけです。