大丈夫だと思います。
例えば、私がブクマしている美作さんの作品「疫病神の誤算」は完結済みですが、別作品として「外伝　疫病神の誤算　10　未来」というアフターストーリーを投稿しています。
ですので、わざわざ連載でくっつける必要はないかと。

質問の意図に沿ってなかったらすみません。

桜様

有難う御座います。
確かに別の投稿として書いておられる方も多いですね。検討してみます。

完結済みになっていると次話投稿できない仕様なので、連載の続きにアフターストーリーを投稿する場合は連載中に戻す必要があります。
連載中→完結済みに設定を変更すると、しばらくの間は読者が増える傾向にあるので、また連載中に戻してアフターストーリーを投稿するのは本編完結後すこし経ってからの方がいいでしょう。一応アフターストーリーの連載中も次話投稿のたびに完結済み→連載中→次話投稿して完結済みと操作すれば、読者から見れば完結済みを維持した状態になりますが、個人的にはオススメしません（トップの「完結済みの連載小説」に載るのは最初に完結済み設定した一回だけである、操作が面倒、アフターストーリー連載中なのに完結表示だと読者が混乱するなどが理由）。

またアフターストーリーの量が少なくて本編完結後すぐ投稿できる場合は、アフターストーリーまで全部終わってから完結済みに設定する作者さんも多いです。

鳴神楓様

詳細にご回答頂き有難う御座います。
やはり一度連載中に戻す必要があるのですね。

まず【完結設定】は、忘れるか「もう、これ以上は書く事がない」と思えるまでは【連載】のままにしておく事が重要です。

『じゃあ完結した事を、どう表現するの？』
という疑問には、
「本編完結済み」と、【あらすじ】の最初か最後に明記すれば良いのです。ついでに【活動報告】でも大々的に書いておけば、感想とはべつにコメントをもらえるでしょう。
その活動報告の記事で
「本編は完結しましたが、アフターストーリーを引き続き、お楽しみください」
と書けば、さらに期待値は高くなると思いますよ。

それでもまだ足らないなら、作品のタイトルの後に【本編は完結】のように追加して強調すれば良いかと。本編が完結したからと言って必ずしも【完結】にチェックをしなければいけない、というルールはありませんし、「完結したのに完結マークを表示させないのは違反」等とイチャモン付ける人の方が、圧倒的に少数派かと。

「本編完結」の際には、サブタイトルに忘れずに【最終回/最終話】を付ける事と、「アフターストーリー」の第一話を投稿したら【章】機能を使って「新しい章」で区切る事を、お忘れなく。

「本編(主人公たちの話)は終わりましたが、この世界はまだ続きます」
というスタンス(姿勢)を表明しておけば、続きを書いても批判されないでしょうし、人によっては「○○(キャラクターや場所など)の“その後”も読みたい」と、リクエストも来るかも知れませんよ。

どうか、「お話や登場人物」そして【世界】を大事にしてあげてください。

比由律人様

ご丁寧に有難う御座います。
初めての完結という事もあり、完結ってチェック入れてみたい衝動もありながら、でもアフターストーリーは書く事決めていたので、未だにウジウジ悩んでいたりするのですが。
やはり仰る通り連載のままで読者様には活動報告なりでお知らせする、というパターンが良いのかも知れませんね。
検討させて頂きます。有難う御座います。

他の方も回答に書いてあるように、別の連載を新規に始めて
「○○アフターストーリー」
と、しても良いかと。


本編を完結させて「いじらない」代わりに、独立させた「外伝」「異聞」「アナザーストーリー」「テイルズ」などのタイトルを着けた作品を、短編や連載で投稿/公開した後【シリーズ】機能で「まとめる」という方法も、あります。

重要なのは「連続性」なのか【独立性】か、だと思います。
※あくまで個人の意見です。

作品をブックマークしてくれた読者さんの意向を訊くために【活動報告で尋ねてみる】のも、ひとつの考え方では？

比由律人様

重ね重ね有難う御座います。

今回の作品のアフターストーリーについては、連続性が優先される内容となっておりますので、外伝的な扱いが難しかったりします。
連載を先延ばしにしてアフターストーリー更新し終えてから完結、がベターなのかも知れませんね。
読者様に聞くにしても、更新予定まで時間がないので難しいかもです……。
何にせよご意見有難う御座います。

『アフターストーリー』
ではなく
「エピローグ」として、サブタイトルに何らかのキーワードを着けては如何？

エピローグなら連続性も同じ作品内に存在する(別作品にしない)理由も、クリアできる筈ですし、「○○の場合」も複数、書け(投稿でき)るし 、と。

比由律人様

再度のご教示有難う御座います。
内容的に完結がエピローグとなりそうです。アフターストーリーは本当そのままの意味の内容となっておりますので。
ですが完結を先延ばしにして、アフターストーリー終わってから完結としようかと今は考えております。

フィナーレ
　↓
アンコール
　↓
カーテンコール

くらいかなぁ…。(苦笑)

ちなみに【フィナーレ】を『本編完結』だとすると、【グランドフィナーレ】という、「全部を通して最後の最後」を出す事ができます。(笑)

比由律人様

またも書き込み頂き有難う御座います。
今のところアフターストーリーを終えて完結と考えております。

　連載中のまま放置していると、『長期連載停止中』という状態になります。
　この状態ですと読まれる確率が低くなるため、個人的にはデメリットのほうが大きいと思います。
　例えばなろう内の検索時に、『長期連載停止中は除外』というオプションがあります。このオプションをオンにして検索した場合、連載中のまま放置している作品は出てきません。
　また、目次ページの上部にも『この連載小説は未完結のまま約5ヶ月以上の間、更新されていません。』というようなメッセージが表示されます。せっかく目次ページを開いてくれたのに、このメッセージを見て読むのを辞める人も、少なくはないでしょう。というのも『アフターストーリー等の途中で放置されていて、実質的に未完結に近い』作品もたまに見かけるからです。(晒し行為になるので、例示はしませんが)その為、『本編完結』と書いていても、メッセージがでる時点で、回れ右する人もいるのです。(多くはないかもしれませんが、少なくもないと思うのです)
　ですので、あくまでも個人的な意見ですが、『本編完結後、アフターストーリー等の投稿予定がない場合』『本編完結後、アフターストーリー等の投稿までに数週間以上あく場合』『アフターストーリーに区切りがついた後、次話投稿までに数週間以上あく場合(次話投稿の予定がない場合を含む)』は、完結設定にしておくことをお勧めします。



　もちろん、上記のデメリットを承知の上で、『連載中のまま放置』されるのでしたら、それはそれでいいと思います。本人の自由かと思います。『初回完結時』のこともありますし。
　ただ、『デメリットを知らずに実行する』のはどうかなと思ったので、一応コメントさせていただきました。

　以上、過去ログ検索で閲覧されやすそうな質問だと思ったこと、現時点でデメリットが言及されていなかったことから、失礼いたしました。

夢現経念＠活動中【中々執筆時間が取れません、、、】様

ご回答有難う御座います。
連載中で放置する事は致しません。完結は必ず致します。
私が知りたかったのは完結した以降も更新は可能かどうか、なのですが、どうやらそれは他の方のご指摘の通り不可能と判明し、ならば数話のアフターストーリーを掲載後に完結をしようかと考えている次第で御座います。
ご丁寧にコメント頂き、有難う御座います。