まず、何がカウントされているのか、直せるか直せないかっていう点について、正確な所は運営に問い合わせないと分からないです。
ただ、一定間隔でのアクセスっていうのは、おそらくですがbot,ロボット検索の類と思われます。
なろうに限らず一般的なWeb上のページはいろんな外部ツールによって巡回されてて、それらを完全に防ぐってのは通常は困難です。
どこかしかにあなたの作品へのリンクが載った時点でそういったのものは避けられないものと思います。
それらは特に害のあるものではないので、一定間隔の少量のアクセスについては気にしないのが一番かと思います。