完全に非公開にする方法はありません。なので公募などでweb掲載が禁止されている場合などは、おっしゃる通りバックアップを取って削除するしかありません。
非公開に近い機能で「検索除外」がありますが、これはなろう内の検索やランキングに出なくなるだけで、Google等の検索では出ますし、すでにブクマ評価している読者ならそこから普通に読めます。
一応「削除」はシステムに負担がかかるので控えて欲しいとのことなので、「検索除外」でも大丈夫ならそうした方がいいです。やり方は小説情報編集で「開示設定 全ての一覧と検索から除外する」にチェック入れて下さい。
