私もタイポグラフィを投稿したことがありますが、小説家になろうの仕様上かなりの困難が伴うと思い知る結果になりました。原因は大きなところだけで二つあります。
一、読者の側でレイアウトを変更することができる。一行あたりの字数も変えられますし、閲覧環境によっては縦書き表示に切り替えることもできます。
一、PC版とスマートフォン版で表示のされかたが異なる。正確なところはわかりませんが、スペース類の幅がかなり変わるようです。
そのほかにさらに、行頭の半角スペースは表示されないとか、半角スペースが複数連続している場合は一個だけしか表示されないといった独特の仕様をいくつか確認しています。ご質問にある表示位置がズレる件は、このへんが原因ではないかと思います。
また、小説作成画面、執筆中小説の表示画面、小説投稿時の確認画面などとプレビュー画面とでは、表示の形式が全く違います。実際に投稿した作品が表示される際には、プレビューとだいたい同じ見えかたになりますが、それを読者の側で変更できてしまうことは上で述べたとおりです。
こうした諸々の困難を承知の上であれば、AA等も試みるのは自由かと思います。
