おそらくルビの多用が原因です。
縦書き横書き共に、一回で指定したルビは二行に分割されない仕様なので、ルビが行末に来て表示しきれない場合は改行されます。そのため、１行の表示文字数によっては途中の変な位置で改行されてしまい、ルビが多ければそれが目立ちます。
読者さんにルビのせいだと説明すればわかってもらえると思いますが、もし改善したいは以下のようにすれば、変な位置の改行はある程度減らせます。
・最初の一回だけルビを振るようにしたりして、ルビを減らす。
・長いルビは意味が通じる範囲で分割する。
例：「山田太郎《やまだたろう》」ではなく、「山田《やまだ》太郎《たろう》」と指定する。
前者が行末に来ると行末に最大3文字分の空白ができて目立つが、後者なら空白が出来ても１文字分なので目立たない。
