ホーム画面の「その他」の「投稿済み小説コピー」で間違って投稿した第２部を「執筆中小説」にコピーできるので、それを第１部が入っている連載の方に「次話投稿」して下さい。
もしくは普通にパソコンの画面上で第２部の文書をコピペして新規小説作成から次話投稿でも大丈夫です。
「次話投稿」は執筆中小説にコピーしたものを開くか、新規小説作成の保存後の画面のどこかにボタンがあると思います。

間違って投稿した第２部はコピーしただけで消えていないので、そちらはあらすじに間違って投稿したものだと書いて検索除外にするか、削除して下さい。（検索除外や削除のやり方がわからない場合は、この質問板を検索すれば出てくると思います）

私が調べた限りでは、できません。
第一部を「連載中」にしているのでしたら、
第一部の次話投稿で、改めて第二部を上げるしかないと思います。

その際、バラで上げてしまった方の第二部は、小説情報編集にて、評価や感想をすべて受け付けない・公開しないにして、事情をあらすじなどに書いたら良いかと思います。同じく小説情報編集にて、「開示設定を除外する」も有効かと思います(削除しない方向で考えるなら)。

鳴神　様　誠にありがとうございました。御指摘のとおりに行ったところ無事に次話投稿にできました。本当に感謝しております。ご厚情ありがとうございました。
Ipp　様　貴重なご指摘をありがとうございました。私も調べたのですが、やはり分からなかったところ、いろいろと考えていただき、お心使い感謝しております。

問題解決に御助力いただき、ありがとうございました。