投稿の際に、連載小説か短編小説かいずれかの形式を選択する箇所がありますが、そこに「後から変更できません」と注意書きがあります。これがすべてです。
　もし選択を間違えたまま投稿してしまった場合は、新しく投稿しなおすしかありません。間違えて投稿したほうのしろものは、そのままにしておく、削除する、検索や一覧からの除外を設定する、以上のうちどれかの処置を取ることになるでしょう。マニュアルには削除するのはなるべく避けてほしい由の記述がありますので、検索や一覧から除外するのが最も無難であろうと思います。やりかたは下のリンクをご参照ください。

マニュアル>投稿情報の各項目について>開示設定
https://syosetu.com/man/toukoukoumoku/#m_kaizi

　短編を間違えて連載にした場合は、『全１話で完結設定』すれば良いと思いますが。