非公開にする機能は、有りません。
『なろう内の検索』から除外する機能なら有りますが、
『Google等の検索エンジン』では除外されませんし、直接アクセスすれば読めます。
当然、ブクマ機能を使ってる人に対しても無意味です。
パソコンなら、普通に編集すれば良いのではないでしょうか?
何なら、作品名冒頭or当該話のサブタイに【編集中】とでも入れて反映させてから、編集する手も有りますし。
後は、コピペ等でバックアップを取った上で削除して、後から投稿する手も有りますが。
コレは連載形式で、1話分は残す状態で無いと出来ない筈です。
短編や、連載でも全話の場合、削除して再投稿というのは、アウトな可能性が有りますし。
(規約の『不適切な云々』に触れないと断言出来ませんので)