「更新された連載中小説」というのは、小説家になろうトップページに表示されているやつのことですね。
　あれの仕様はよくわかりませんが、表示される作品数は12点に決まっているようです。実際に観察してみたところでは、小説家になろうにおいて連載中小説が12点更新されるとそれにともなってトップページの情報も更新される……のではなく、時間で区切って情報を更新しているようです（平均10分と書いてありますが、けっこうばらつきがあります）。その期間内に更新された連載中小説が12点より多ければ、表示されずじまいになる作品もあるということになります。
　気のきかないシステムだと私も思います。
　ただ、たとえば本日12月13日の20:00ちょうどには実に91点の連載中小説が更新されており、それをすべてトップページに無理なく表示するような仕組みはなかなか実現が難しいかもしれません。

私も似たような事をたびたび経験しております。
まさに、自分の作品が表示されるはずの時間が飛んで、その前後の方だけ載っている状態でした。
丁度の時間というわけではなく、本日20時23分のアップです。
（前後数分の方はきちんと「更新された連載中小説」に載っておりました）
表示枠から外れたために表示されないのではなく、表示枠の中にいるはずなのに表示されないというのは解せませんし理由も分かりませんが、アオノ ケースケ様だけではなく同じように悔しい思いをしている者がいるという事を、ここに記しておきます。
（慰めにはならないかもしれませんが……）
もちろん、これを回避する方法があれば私も知りたいです。