以下に含まれない場合、読者側が上部の縦書きPDFから縦書きで読むことが出来る仕様です。

2,000文字未満の作品
90日以上更新していない未完結の連載小説
段落初めの一マス空けをしていない作品
18歳未満閲覧禁止の小説(ノクターンノベルズ/ミッドナイトノベルズ/ムーンライトノベルズの作品)

　縦書きで表示するか横書きで表示するかを作者の側で指定することはできません。
　投稿された作品は通常は横書きで表示され、読者が作品ページ上部の「縦書きPDF」のボタンをクリックした場合に縦書きで読まれることになります。

　なお、上のかたの回答ではいろいろな条件を挙げて、その条件に該当しない作品だけが縦書きPDFで読めるとなっていますが、これはまちがいです。私が実際に試してみたところでは、上記の条件に関係なくどれも縦書きPDFで表示することができました。
　上記の条件に該当する作品は、小説家になろうの関連サイトである「タテ書き小説ネット」で検索することができないというだけです。下記のページの「タテ書き小説ネットの掲載対象外」の項に説明があります。

「タテ書き小説ネット」とは？
http://pdfnovels.net/site/about/

　ですので、縦書きで読んでほしいからといって上記の条件に引っかからないようにする必要はありません。

お返事遅くなり申し訳ございません。まだ、扱いに慣れていなくてこのページも今日（９／２２）初めてみました。今まで手書きで原稿を作成していました。
パソコンも慣れていません。本当にすいませんでした。
これに懲りずにご教授いただきたいです。