削除に関するお願いは、あくまでもお願いであり、削除したからといって規約違反になるわけではありません。
間違って二重投稿になってしまったのなら、二重投稿の方が規約違反になるので、この場合は削除しても大丈夫だと思います。
なるべく削除しないで欲しいというお願いは、システムへの負荷軽減のためらしいので、削除以外の方法では、片方の小説の公開設定を非公開にして検索除外にする方法もあります。
ご不安でしたら、「間違って二重投稿になってしまったので片方を削除したい」と運営にお問い合わせしてみてはいかがでしょうか？
