小説家になろうには二次創作の投稿に関する規定はありますが(
http://syosetu.com/site/nizi/)、そもそも何がどうであれば二次創作ということになるのかという基準が見当たりません。なので、あくまで一般常識の(と思われる)範囲で回答させていただきます。
質問者様が挙げていらっしゃるような例であれば、意図するとしないとにかかわらず、二次創作とは言えず、小説家になろうに投稿するのも問題ないはずです。
ドラえもんを登場させてはダメです。それは二次創作です。
しかし、ドラえもんというあだ名のキャラクターが登場するのは二次創作とはいえません。
比喩としてドラえもんを引用するのも同様です。
ついでながら、登録商標はまたモノが違います。
商標は登録の際にいかなる種類の商品やサービスの名称として使用するのかを届け出る必要があります。そして、他者はその種類の商品やサービスにその名前を使用することができなくなります。ヤマト運輸以外の会社もしくは個人が運送業をする際に「宅急便」という名称を使ってはいけない、ということです。
しかし、小説や映画の題名は商標として登録することができません。(グッズの販売等のために、他の種類の商品の名前として登録されることはありますが)
したがって、既存の作品とたまたま同じ題名になってしまったとしてもとがめられることはありませんし、本文中に既存の作品や登録商標と同じ言葉が出てきたとしてもなおさら問題にはなりません。
とはいえ、それこそ『魔女の宅急便』のような有名な作品の題名をそのまま自分の作品の題名に持ってくるのは、誰がどう見てもパクリであり、批難されてもしかたないでしょう。
かなり話がずれてきましたが、ずれついでにもうひとつ付け加えておきますと、巷間流布している「スタジオジブリが『魔女の宅急便』を製作する際にヤマト運輸から商標の使用許可をとった」という説ですが、いろいろ調べてみたのですが事実を確認できませんでした。
『宮崎駿全書』(叶精二著、フィルムアート社)には、製作側が宅急便つながりでヤマト運輸にスポンサーになってくれるよう頼んだ、という内容の記述があります。これがねじまがって伝わって上述の説になったのではないかと思います。