質問にある『インストゥルメンタル(器楽曲)をモチーフにした小説』は、二次創作と呼びません。
二次創作とは、原作(または元ネタ)の【世界観や登場人物(キャラクター)などを使用した】作品の事です。
「歌」の場合には『歌詞』が原作(または元ネタ)に当たります。
歌詞が無い「インストゥルメンタル(器楽曲)」の場合、作品の世界観や登場人物などが存在しないので、二次創作そのものも存在し得ません。
インストゥルメンタル(器楽曲)の「主題やタイトルまたは解説あるいは曲の解釈や聞き手の感受性」を元にした作品を書いたとしても、それを制限あるいは規制する法や規約は存在しない、と言っても過言ではないでしょう。
ただし「カラオケ」の場合は元となる歌に【歌詞】が存在するので無理ですが。
また、著作権の通例では「タイトルや題名は保護の対象外」となっていますから【元ネタのタイトルを出す】事も一般的には大丈夫な筈です。
※あくまで著作権上の話で、商標権などは侵害のおそれを捨てきれないので注意してください。とはいえ、悪意を持って使用しない限りは、文句を言われる事はないかと。
動画などの場合には「無断使用」を問われる可能性もありますが、小説のイメージソースに使ったからと言って【確固たる証拠】を示す事は困難な筈です。
安心して書いてください。