カウントの違いは分からないですが、コンテストにはＮＧだと思います。
『なろう』基準で、の文字数ですから。

少し調べてみたのですが。
(『ワード　文字数　異なる　-行』でGoogle検索。
　2013/09/04の記事を見付けての回答です。)

Vitaでコピペが出来ない為、ＵＲＬは省略しますが。
どうやら、ワードには『隠し文字』なるモノが存在するようです。
つまり、ワード文書には、環境依存文字が含まれているみたいです。
(『隠し文字』に限りません)

それが、『なろう』に投稿する際に、環境依存文字が除外された結果。
大きく文字数が減少する、という事になったって事ですね。

設定で、『隠し文字』を印刷しない設定をすれば。
そうすれば、『隠し文字』はカウントしなくなるみたいです。
ワードのバージョンと合わせて検索すれば、多分やり方も分かると思います。

尚、これとは違う理由だった場合、残念ながら僕には分からないです。
(ワード経験が無い上に、現在ＰＣ環境が無い為)
その場合は、ワードのサポートにご相談ください。

小説家になろうでは、一度に7万文字までしか執筆投稿出来ません。

なので相当な文字数を誇る小説さんは全て連載を組まざるを得ないのです。
（そもそも短編でなければ書きためるのではなく、書いて投稿してを繰り返す方が大半と思うので）

それに文字数が多すぎても読むのが個人的にはちょっと大変だと思うので、出来あがっているのなら区切りの良い所で、例えば約1万文字毎に区切って10回に分けて投稿するでも良いと思います。

10万文字以上の規定のコンテストさんに応募されている小説も大体は少しずつ投稿した連載小説だと思います。

木村さんの小説は、あらかじめ連載として投稿されている様なので、上記のように何話かに編集し直して投稿してはいかがでしょうか。

長文失礼しました。

夢現さま、五月雨さま、
ご指南ありがとうございました！
とても勉強になり、助かりました。
早速試してみようと思います。

もう読まれないのだろうけども……
ワードには、改行やタブや改ページなどの空白以外の見えない制御コードを入れられるので、それもカウントされているのでしょうねぇ。たぶん。

無花果無双さま、ありがとうございます！
次回からはそれを踏まえて取りかかろうと思います。

『１０万字の作品を休まず読め』と言われた場合、短編扱いで【しおり】を挟めないので非常に辛いです。
連載形式なら「n話まで読もう」となりますが、単に長いだけだと読者が【ついてこない】事も考えられるのを、お忘れなく。