実在の人物について
ここでいう実在の人物とは、いわゆる著名人のことであるとの理解の上でお答えします。
「小説家になろう」ガイドラインの「二次創作の投稿に関して」(
http://syosetu.com/site/nizi/)に、歴史上の人物を題材にした小説は投稿可能である旨記載されています。
「現在存命中の人物を題材とした作品は全面的に禁止いたします」とも書かれていますが、「題材とする」というのが具体的にどのようなことを指すのかははっきりしません。
私見ですが、題材とするとは、その人物が作品の中で重要な役回りを演じている場合を指すと思います。単に名前が出てくるだけならセーフではないかと。
作品名の引用について
「小説家になろう」にはこれに関する規定はありません。
また、一般的にも作品名の使用は制限されないと考えられます。
公益社団法人著作権情報センター「著作物にはどんな種類がある?」(http://www.cric.or.jp/qa/hajime/hajime1.html)においては、標語・キャッチフレーズ・題名が著作物として保護されるかは一概には言えないが、通常は保護されないと考えられる、と解説しています。
ついでながら、商標について
登録商標というのは、登録の際に指定した商品・サービスの名称として他者が使うことはできない、というものです。
小説の文中に使用することは何ら制限されておりません。
参考>特許庁「商標制度の概要」(https://www.jpo.go.jp/seido/s_shouhyou/chizai08.htm)
『魔女の宅急便』の事例についてはよくわかりません。
小説や映画の題名には商標権が及ばないはずですので、スタジオジブリが使用許可を求めた云々のエピソードは、ヤマト運輸が映画版にスポンサーとして参加している裏事情をかんぐった都市伝説ではないかと思います。