極力避けるべきですが、削除しても規約違反にはなりません。
(ヘルプ『小説管理』参照)
ただ、Nコード削除という意味なら、止めた方が良いです。
ブラウザのブクマに登録してるだけの人も、居るかも知れないですから。
Nコード削除されると、規約違反削除なのか、出版削除なのか、変な人にアレコレされての削除なのか、リメイク削除なのか、作者が誰なのか、分からなくなってしまいますから。
検索除外設定して、ランキングタグ部分にリメイク版へのリンクを設置すべきだと、思います。
数話をまとめるだけ、つまりNコードは変わらず、話数が減るだけの削除なら、問題有りません。
ソレやってる作品、時々見かけますし、そもそも規約違反になりません。
しおり機能に影響するので、一週間は前に、告知すべきだとは思いますが。