私見ですが、大丈夫だと思いますよ。
複数人、今も活動されてる方で、改稿版と旧版(一番初めに投稿したの/便宜的に呼びます)を同時に存在させてる方います。
私も、その予定ですし?
旧版を完結表示にして(最後に「お知らせ」を投稿してのがベター?)置くと間違えなくていいかもです。
気になるようでしたら、小説設定から、このサイトの検索除去をすればいいのですし。
と言うのも、「作品の削除は、サーバーの為にも極力避けてくれ」と言うのが運営側の意思っぽいのです。
マニュアルのどこかは、失念しましたがそうあるのです。
或いは、ですが。
あらかた同じでしたら、旧版と対応する話を入れ替えて、改稿して、あらすじに『5/10、第一章全て改稿しました』と入れるもよしです。
だぶりが気になるのならこちらでしょう。
なかった話が増えたならば、差込すればいいでしょうし。
完全に、旧版自体を消す人は私の知る限り、少数派です。
(連作独立短編を纏めて連載形式にしたのも含む)
大体は、入れ替えるか、旧版は凍結させての放置が多数派です。
ご参考までに。