例えば綾波レイやクラウドといった特定の人物を連想出来る知名度のある名前ですと、性格が全くの別人でも間違い無く連想しますし、懐疑心を与え疑惑の目で見られても仕方がないと思います。意見を寄せられもすると思います。
それに先入観があるので伝えたいキャラクター性の障害にもなりえます。その先入観を利用してキャラクター性を伝えたいとお考えでしたら、それこそ愚考です。
ではマイナーな名前を使い大多数の人が気付かなければ良いか、と言われればそうではないと私は思います。
しかし一方でハリーなど、一般的に使われやすい名前があるのも事実です。私はこの名前で四名頭に浮かびますし、小説で使われていても眼鏡の少年魔法使いであったりしない限りパクリだなどとは微塵も思いません。
結論としましては、特定の人物が連想出来る名前は使わない、作者自身が既存のキャラクターを想定して命名するのは止める、の二つを注意すればゲームのキャラクターに使われている名前でも問題ないと思います。