投稿時、※後から変更できません。と注意書きがあるため編集ではできないでしょう。

小説本文などをテキストファイルにコピー。
小説削除。
連載で再度投稿。

私が思いつく手段です。他の方の意見もあればそちらも参考にしてください。

短編のタイトルを「○○序章」とかにして
次に同じタイトルで連載をはじめてはいかがでしょうか？

私も同じことをしてしまいまして、こうして解決するつもりです。

まだ書き始めた新人ですから、そういう人もいるんだなあ程度で参考にどうぞ。